Gıda sınıfı silikon boru Dezenfektanlarla doğrudan temasa geçilmesi genellikle önerilmez. Silikon tüpler bazı durumlarda belirli kimyasalları tolere edebilse de, dezenfektanlar genellikle güçlü oksidanlar, klorürler, alkoller veya silikon jel ile reaksiyona girerek yüzey korozyonuna, sertleşmeye, renk bozulmasına veya silikon tüpün performansının bozulmasına neden olabilecek diğer aşındırıcı ve reaktif kimyasal bileşenleri içerir.
Örneğin, sodyum hidroksit ile silikon jel arasındaki reaksiyon oda sıcaklığında nispeten hafif olmasına rağmen, yüksek sıcaklıklarda şiddetli bir reaksiyona girerek silikon tüplerin performansını etkileyebilir. Benzer şekilde, sodyum hipoklorit gibi klor içeren dezenfektanlar güçlü oksitleyici özelliklere sahiptir ve silika jelin kimyasal yapısına zarar verebilir. Alkol dezenfektanları daha az tahriş edici olsa da, uzun süreli maruz kalmanın da silikon jel üzerinde olumsuz etkileri olabilir.
